根据提供的信息，不同机构对于在《自然》（Nature）杂志上发表论文的奖励金额是不同的。以下是一些奖励金额的概述：
有的地方科研机构给予在《自然》上发表论文的作者100万元人民币的奖励。
一些南方知名高校对于在《自然》、《Science》或《Cell》上发表的论文，每篇奖励为50万元人民币。
《横琴新区博士后管理工作暂行办法》中提到，在国际学术刊物《自然》或《Science》上发表论文，给予每篇100万元人民币的奖励。
请注意，这些信息可能随时间和政策的变化而变化，请以最新的官方信息或直接咨询相关单位为准。