自然损耗通常计入管理费用科目。管理费用是企业为组织和管理生产经营活动而发生的费用，包括一些日常损耗和损失。自然损耗指的是在储存或生产过程中发生的物资数量的正常损失，如物品在运输、装卸、检验等过程中的损耗。
需要注意的是，自然损耗并不总是直接计入管理费用。如果自然损耗与生产活动直接相关，如原材料在生产过程中的自然损耗，则应将其计入相应的产品成本中。而对于非生产过程中发生的自然损耗，如存货的自然损耗，如果损耗数量较小且属于日常管理范畴，可以将其计入管理费用中。
此外，自然损耗产生的定额内损耗，在报经批准后，应记入管理费用科目。