是的，南京医科大学通常被认为是一本大学。以下是相关信息的整理：
南京医科大学是江苏省属重点建设大学，并且是教育部卓越医生教育培养计划试点高校和国家特色重点学科项目建设高校。
该校在各省的高考录取通常是第一批次，因此，按照民间习惯和多数情况，南京医科大学被视为一本大学。
尽管教育部门没有明确将南京医科大学归类为一本或二本，但根据其在普通类招生批次中的位置，以及在江苏和全国大部分地区为本科第一批次招生的情况，南京医科大学通常被认为是一本大学。
需要注意的是，教育部门在毕业证上只区分本科和专科，而“几本”大学是民间的一种说法。