保险代理人的考勤扣款是否合法，主要取决于代理合同中的约定以及相关的法律法规。根据提供的信息，以下是一些关键点：
代理合同内容
如果代理合同中明确规定了出勤情况会影响佣金或解除合同的条件，则保险公司可能有权根据合同约定进行扣款。
如果合同中没有相关规定，保险公司擅自因未出勤扣款可能是不合理且不合法的。
法律法规约束
根据保监局发布的《关于规范代理制保险营销员管理制度的通知》，保险公司不得要求代理制保险营销员实行公司员工考勤制度。
除非依据法律、行政法规或个人保险代理合同追究违约责任，否则保险公司不得对代理制保险营销员实施罚款、处分、开除等处罚。
平等民事主体
保险代理人与保险公司是平等的民事主体，不应适用员工的管理机制，如打卡考勤等。
综上所述，如果保险代理人的合同中未将出勤情况作为扣款条件，并且相关法规禁止对代理人实施考勤扣款，则保险公司的考勤扣款行为可能是不合法的。