司马迁的死因在历史文献中并没有明确的记载，因此后人对他的死因有多种推测。以下是几种可能的解释：
政治迫害
司马迁因《史记》中的某些内容触怒了汉武帝，特别是《景帝本纪》中对汉武帝的批评，以及因举荐李陵被降罪，最终导致他被下狱并可能因此而死。
巫蛊之祸
司马迁可能因巫蛊之祸受到牵连，这场政治清洗导致许多士大夫被牵连处死，司马迁可能也是其中的牺牲者之一。
自然死亡或病死
也有观点认为司马迁可能因为自然原因或疾病而死，但这一说法由于缺乏正史记载，难以证实。
自杀
另一种看法是司马迁在《史记》完成后，因政治压力和个人遭遇的挫折，选择了自杀。
其他原因
还有说法认为司马迁可能因为卷入其他无辜事件而被杀，或是正常病故。
由于史书中对司马迁死亡的记载并不详尽，以上各种说法均缺乏确凿证据，因此司马迁的确切死因至今仍是一个谜。不同的学者和研究者根据不同的史料和推理，提出了不同的解释和假设。