在《盗墓笔记》中，阿宁的死因是被鸡冠蛇咬伤中毒而死。具体情节如下：
1. 阿宁在蛇沼鬼城的河边洗手时，被突然游过来的野鸡脖子（鸡冠蛇）咬伤。这种蛇毒性极强，阿宁在短时间内便倒地身亡。
2. 阿宁被咬伤后，吴邪等人试图救她，但最终未能成功。吴邪还目睹了野鸡脖子搬运阿宁的尸体，并试图用她的尸体来孵化自己的卵。
3. 阿宁的死不仅因为她被毒蛇咬伤，还可能与她身份的特殊性有关。有推测认为，阿宁可能是被设计成“人蛇共生”试验的牺牲品。
综上所述，阿宁的死因是被鸡冠蛇咬伤中毒，这一情节在小说中有明确的描述和多处证据支持。