应勤和邱莹莹分手的原因主要是因为应勤的处女情结。应勤非常看重这一点，当他得知邱莹莹不是处女后，无论邱莹莹如何挽留和伤心，他都坚决地离开了，并且在之后的偶遇中还特意躲开邱莹莹。此外，应勤还在他妈妈的安排下和另外一个女生在一起，但他发现自己始终忘不了邱莹莹，这导致他在有未婚妻的情况下还多次去找邱莹莹，最终被他未婚妻发现并发生了冲突。
应勤的处女情结不仅导致了他和邱莹莹的分手，还影响了他与其他女性的关系。例如，他在老家相亲后交了新女朋友，但当发现新女友可能也不符合他对于处女的要求时，他又开始回头找邱莹莹。这种行为显示出应勤在处理感情问题时非常保守和迂腐，无法接受伴侣的非处女身份。
综上所述，应勤和邱莹莹分手的主要原因是应勤的处女情结，这一观念在他对于感情的态度和行为中占据了主导地位，最终导致了他和邱莹莹的关系破裂。