关于军统为什么没有杀害何应钦，根据历史资料，可以归纳出以下几点原因：
蒋介石担心军队分裂
蒋介石和何应钦都是黄埔军校出身，蒋介石为校长，何应钦为总教官。
蒋介石依靠黄埔军校的学生将领掌控军队，何应钦与黄埔军校学生关系紧密，若两人反目，可能导致军队分裂。
师生之情
何应钦可以视作蒋介石的老师，蒋介石在杀何应钦时必须考虑自己学生的情面。
找不到把柄
何应钦虽然心狠，但为人处世并不张扬，蒋介石找不到对他不利的把柄。
政治立场相同
何应钦主张的右倾思想与蒋介石相同，蒋介石无法以此为由对他下手。
西安事变中的表现
西安事变时，何应钦虽被指控企图讨伐张杨，但蒋介石最终并未杀他，而是有所疏远但仍旧委以高官。
这些因素综合作用，可能是蒋介石没有杀害何应钦的原因。