司马迁的死因存在多种说法，以下是几种较为可信的解释：
被汉武帝所杀
司马迁因替李陵辩护而触怒汉武帝，最终被判处死刑。关于他的死因，有观点认为他是在完成《史记》后不久被杀。此外，也有推测认为司马迁可能是在汉武帝晚年著名的“巫蛊之狱”中死亡。
自杀
另一种说法是司马迁在遭受腐刑后，为了完成《史记》，选择了宫刑。他认为自己的使命已经完成，人生没有其他追求，因此有可能选择自杀。
自然死亡或被其他原因所杀
正史中并没有明确记载司马迁的卒年，有人推测他可能是自然死亡或因其他原因被杀。班固在《汉书》中也没有记载司马迁的死亡，这让人怀疑他是否寿终正寝。
综合以上信息，最可信的说法是被汉武帝所杀。司马迁因多次冲撞汉武帝，在《史记》完成后被杀的可能性较大。当然，也有可能是他在遭受腐刑后，因悲愤和憎恨之情选择自杀。由于缺乏确凿证据，这些说法都只能作为参考。