水利建设基金的计算方式通常有以下几种：
按营业收入的一定比例缴纳
一些地区可能规定水利建设基金按照营业收入的千分之一缴纳。
按水利工程总投资分担比例收取
水利建设基金的计算可能根据水利工程的具体规模和总投资额来确定。
按增值税实际缴纳额的百分比缴纳
例如，某些地区可能规定水利建设基金按照增值税、消费税实际缴纳额的1%来计提和交纳。
地方具体规定
不同地区可能有不同的征收比例，如湖南省可能是0.06%，浙江省可能是0.01%。
请注意，上述信息可能随时间和政策调整而变化，具体的计算方法和比例应以当地税务局的规定为准。