离婚时公司财产的分配方式主要依据《民法典》及相关司法解释进行处理，具体方法如下：
协议分割
首选方案是双方通过协商，确定各自在公司股份中的权益分配。
法院裁决
若协商不成，可向法院提起诉讼，由法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。法院可能会根据股份数量按比例分配，或考虑将股份转让给实际掌管公司经营的一方，同时给予另一方相应的经济补偿。
特殊情形
若公司仅有夫妻二人为股东，且双方均无意继续经营，可考虑对公司进行清算或拍卖，清算后的剩余资产或拍卖所得作为夫妻共有财产分割。
继续经营
若双方还能合作，按比例分割股权，继续共同经营。
股权转让
一方保留公司，另一方退出并获得相应补偿，或向第三方转让部分股权。
象征持股
一方保留少量股份，另一方则拥有控股权。
与他人合办的公司
协商转让：双方同意将部分或全部出资额转让给配偶，并得到过半数股东的支持，配偶可成新股东。
股东优先购：若股东不愿转让但愿以同等价格购出资额，则分割所得款项。
证据认定
在夫妻财产分割中，常常涉及到对证据的认定问题。由于公司财产较多，负责经营的一方往往会转移财产，或者使公司“遗留”大量债务，并提供大量证据。
公司社团法律关系的稳定性
分割夫妻在公司的股权时，既要保护离婚当事人的合法权益，也要维护企业的生产发展。无论是何种形式的企业，在分割其所包含的夫妻共同财产时，都将直接或间接影响公司的持续、稳定及相关第三人的权利义务关系。
建议
咨询专业律师：离婚涉及公司财产分割较为复杂，建议咨询专业律师，获取详细的法律意见和帮助。
收集证据：确保收集所有相关证据，包括公司财务记录、股权证明、合同等，以便在法庭上有力地主张自己的权益。
考虑公司运营：若双方均希望继续经营公司，应尽量减少对公司运营的影响，避免因离婚导致公司陷入困境。
通过以上方式，可以较为合理地解决离婚时公司财产的分割问题，保护各方的合法权益。