违约金应计入 营业外支出科目。营业外支出是指企业发生的与其日常活动无直接关系的各项损失，主要包括非流动资产毁损报废损失、捐赠支出、盘亏损失、非常损失、罚款支出（包括行政罚款、税务罚款、违约金、赔偿金等）、债务重组损失等。
当企业因违反合同约定而支付违约金时，应借记“营业外支出”科目，贷记银行存款等科目。这表明违约金是一种经济赔偿，与企业的日常经营活动无直接关联，因此不计入主营业务收入或其他业务收入，也不涉及流转税的缴纳，但可能需要缴纳企业所得税。
此外，需要注意的是，如果合同中没有明确约定违约金的比例，而只是约定了具体金额，那么这种违约金通常被视为惩罚性质的收入，应记入营业外收入，不缴纳流转税，只交企业所得税。
综上所述，违约金应计入营业外支出科目，具体会计分录为借记“营业外支出-违约金”，贷记银行存款等科目。