菩提祖师消失的原因有以下几种解释：
泄露重大天机：
菩提祖师曾泄露给孙悟空一个重大天机，这个天机是三界神佛最努力守护的秘密。因为泄露天机，玉帝无法容忍菩提祖师继续存在，最终导致他消失。
避免被三界超级大神察觉：
菩提祖师在教授孙悟空本领后，担心时间一长会被三界某些超级大神察觉，一旦孙悟空闹出事情，倒查下来会查到他身上，因此他选择悄悄隐退。
如来假扮：
有观点认为菩提祖师实际上是如来佛祖假扮的，他完成传授孙悟空本领的任务后，为了不引起其他神佛的注意，选择消失。
完成使命后隐退：
菩提祖师的存在本身就是一个巨大的秘密，他的使命是教会孙悟空长生术、七十二变和筋斗云，任务完成后，他就没有再出现的必要，因此选择隐退。
鼓励孙悟空独立：
菩提祖师消失也是为了鼓励孙悟空独立面对困难，自我完善。他通过消失，让孙悟空在没有师父庇护的情况下，历经考验，最终修成正果，这样更能突出孙悟空的成长和主角光环。
综合以上几种解释，可以得出菩提祖师消失的原因是多方面的，既有他自身的原因，也有外部环境的因素。他泄露天机、避免被察觉、如来假扮以及完成使命后隐退等说法都有一定的合理性。