自然河道承包是否合法取决于多个因素，包括当地政府的具体规定、承包行为是否符合法律法规以及是否经过必要的审批程序。以下是一些关键点：
法律规定
根据《中华人民共和国民法典》第二百四十七条，水流属于国家所有，不得私自承包。
《中华人民共和国河道管理条例》规定了河道的管理和利用原则，包括河道内的航道适用《中华人民共和国航道管理条例》。
审批要求
如果河道养鱼需要相关部门审批，没有审批程序是违法的。
私人承包自然河流通常需要经过国土部门、农田水利部门以及航道管理部门的审批。
承包条件
承包经营河道不得影响河道的正常行洪和利用。
河道属于国家所有，为保证行洪安全，确保上下游人民群众生命财产安全，河流不能承包给任何单位和个人。
法律后果
违反规定承包河道可能会面临法律责任，影响个人权益。
非法筑坝养鱼等行为违反了《水法》、《防洪法》、《水污染防治法》等国家法律。
总结来说，自然河道承包在没有违反国家法律法规、获得必要审批，并且不影响河道正常行洪和利用的前提下，可以是合法的。但若未经过审批或违反了相关法规，则承包行为是不合法的。