在公务员体系中，科长通常指的是某个科室的行政负责人，属于正科级领导职务，拥有管理科室的权力和责任。而主任，一般指的是主任科员，虽然也属于正科级待遇的职位，但其岗位职责通常低于科长，是非领导级别的正科职位。因此，从职务级别和权责上来看，科长比主任大。
需要注意的是，在不同层级的单位中，科长和主任的具体级别和权限可能会有所不同。例如，在国家级层面，国务院的科长可能级别较高，而在地方层面，如县区级，科长和主任的级别可能相对较低。此外，有些特殊部门的主任可能由于其所处机构的特殊性质，拥有较高的实际权力和地位。
综上所述，在公务员体系中，科长通常比主任具有更高的职务级别和更大的实权。但在具体比较时，还需考虑所在单位的层级和具体情况。