在离婚时，有两个孩子的抚养权分配通常遵循以下原则：
协商一致 ：如果夫妻双方能够就孩子的抚养权问题协商一致，法院通常会按照双方协商的结果出具判决书或调解书。协商不成：
如果双方无法协商一致，法院通常会按照一人抚养一个子女的原则进行判决。
年龄考虑
未满两周岁的子女，原则上由母亲直接抚养，除非母亲存在不适宜抚养的情况。
两周岁至八周岁的子女，法院会考虑双方父母的抚养能力、条件、孩子的生活环境、健康状况、学习需要等因素，以及孩子的意愿，做出最有利于未成年子女的决定。
八周岁以上的子女，法院会尊重孩子的真实意愿，并结合其他因素进行综合判断。
特殊情况：
如果两个孩子都在哺乳期，法院可能会判决全部归母亲抚养，而父亲需要支付抚养费。
抚养费：
不直接抚养孩子的一方通常需要支付抚养费，抚养费的数额通常根据当地生活水平、孩子的实际需要以及支付方的收入来确定。
探视权：
非直接抚养方通常享有合理的探视权，以确保孩子与双方父母都能保持亲密关系。
以上原则是根据《民法典》的相关规定以及司法实践总结出来的。具体情况还需根据案件的具体事实和法院的判决来确定。