菌丝（hypha）是指 单条管状细丝，为大多数真菌的结构单位。它由孢子萌发成芽管，再由芽管不断生长成丝状或管状的菌体，可以不断地延伸和分枝，有隔膜或无隔膜两种。有隔膜的菌丝称为有隔菌丝，无隔膜的菌丝称为无隔菌丝。一些原核生物，如放线菌，也有菌丝。
菌丝在真菌中起到重要作用，是营养生长的主要模式，并且被统称为菌丝体。酵母是单细胞真菌，不成长为菌丝。菌丝通过顶端生长而延伸，通过侧生而分枝。埋入基质中以吸取营养为主的菌丝称营养菌丝，有的种类还可分化成假根、吸器等构造；伸展在空间的菌丝称气生菌丝，成熟后可分化成各种形式的产孢子构造，如放线菌的孢子丝或真菌中的子实体。
根据菌丝中是否存在隔膜，可把霉菌菌丝分成两种类型：
无隔膜菌丝：
菌丝中无隔膜，整团菌丝体就是一个单细胞，其中含有多个细胞核。这是低等真菌（即鞭毛菌亚门和接合菌亚门中的霉菌）所具有的菌丝类型。
有隔膜菌丝：
菌丝中有隔膜，被隔膜隔开的一段菌丝就是一个细胞，菌丝体由很多个细胞组成，每个细胞内有1个或多个细胞核。在隔膜上有1至多个小孔，使细胞之间的细胞质和营养物质可以相互沟通。这是高等真菌（即子囊菌亚门和半知菌亚门中的霉菌）所具有的菌丝类型。
总之，菌丝是真菌的基本结构和功能单位，对于真菌的生长和繁殖至关重要。