车辆自燃后，4S店是否会赔偿取决于自燃的具体原因。以下是几种可能的情况：
如果车辆还在保修期内，并且自燃是由于车辆本身的质量问题导致的，4S店通常有责任进行赔偿。
如果自燃是由于车主私自加装电器设备或线路问题引起的，厂家和4S店通常不会进行赔偿。
如果自燃是由于人为原因或客观原因，如交通事故、非法改装等，4S店不会赔偿。
如果车主购买了汽车自燃险，保险公司可能会进行赔偿。
如果车主对厂家的检测结果有异议，可以请第三方鉴定机构对车辆进行鉴定，以确定起火原因。
如果车辆自燃是由于设计缺陷，且有直接证据支持，厂家和4S店应当负责赔偿。
在处理此类问题时，建议车主首先与4S店或厂家沟通，了解自燃原因，并根据鉴定结果或保险条款寻求相应的赔偿。如果双方无法达成一致，车主可以寻求法律途径解决