上海直飞日本的主要城市包括：
东京：日本首都，政治、经济、文化中心。
大阪：日本第二大城市。
名古屋：人口众多的城市，工业发达。
横滨：重要港口城市，人口众多。
札幌：北海道的大城市，有直飞航班。
旭川：位于北海道中部，交通便利。
新潟：小众旅游目的地，适合滑雪爱好者和艺术爱好者。
福冈：九州的大城市，有直飞航班。
鹿儿岛：九州的另一个城市，有直飞航班。
长崎：九州的港口城市，有直飞航班。
宫崎：九州的南部城市，有直飞航班。
那霸：冲绳的首府，有直飞航班。
首尔/仁川：韩国的城市，有直飞航班。
台北/桃园：台湾的城市，有直飞航班。
曼谷/廊曼、 曼谷/素万那普、 普吉、 清迈、 素叻他尼（万纶）：泰国和越南的主要旅游城市，有直飞航班。
请注意，航班信息可能会有变动，建议在预订前确认最新的航班时刻和票价