员工个人所得税的扣除方式如下：
基本扣除
个税起征点为每月5000元。
扣除三险一金（基本养老保险、基本医疗保险、失业保险以及住房公积金）的个人缴纳部分。
专项扣除
包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金等。
专项附加扣除
根据国家政策规定，员工可以享受的专项附加扣除项目。
其他扣除
如捐赠等，需提供有效凭证。
计算公式
应纳税所得额 = 税前工资收入金额 - 五险一金（个人缴纳部分）- 费用减除额。
应缴纳个人所得税税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
缴纳方式
工资薪金所得一般由单位预扣预缴。
其他所得如经营所得需个人自行申报。
申报和缴纳
员工应在年度结束后按照税务部门的要求，申报并缴纳个人所得税。
请根据您的具体情况，参照最新的税法规定和税率表进行计算。