菏泽市共有以下火车站：
菏泽站：
位于牡丹区中华路东首，是京九铁路和新兖铁路的交汇点，目前为鲁西南地区最大的客运火车站。
菏泽东站：
位于定陶区桶子河村，距市区约10公里，是日兰高速公路南侧的一个高铁站。
曹县站：
位于曹县迎宾路，是一个二等站。
定陶站：
位于定陶区济阴路东首，是一个四等站。
郓城站：
位于郓城县临城路西，是一个县级火车站。
巨野站：
位于巨野县新华路南93号，是一个县级火车站。
东明县站：
位于东明县站前路54号，是一个县级火车站。
鄄城站：
位于鄄城县闫什镇220国道，是一个县级火车站。
此外，菏泽还在规划建设若干高铁站，包括市区的高铁站和巨野县的高铁站，以及位于菏兰高铁线上的曹县高铁站，还有位于雄商高铁线上的其他高铁站正在审批中。
需要注意的是，菏泽南站已经不再使用