海底小纵队拥有多种舰艇，以下是部分舰艇的列表：
灯笼鱼艇 （GUP-A）- 造型源于灯笼鱼，是使用率最高的舰艇之一。
虎鲨艇 （GUP-B）- 仅供呱唧一人驾驶，艇上的牙齿是呱唧画的。
蓝鲸艇 （GUP-C）- 舰艇中唯一有救生绳和锚的，力量大，用于破冰。
魔鬼鱼艇 （GUP-D）- 有一对钳臂，能在陆上行动。
孔雀鱼艇 （GUP-E）- 可以变成救生艇，也是皮医生救治小动物时常用的舰艇。
小丑鱼艇 （GUP-F）- 是一艘脚蹬艇，无外壳，不需要电。
蜻蜓直升机 （GUP-H）- 六只“脚”让其能安全降落在地上。
水熊虫艇 （GUP-I）- 巨大，能在陆地上移动的考察站。
独角鲸艇 （GUP-S）- 可以前后分开，前面在冰上活动，后面在冰下活动，角有加热功能。
飞鱼艇- 提及于多个场合，但具体细节未给出。
鲸鲨艇- 提及于多个场合，但具体细节未给出。
甲壳虫艇- 提及于多个场合，但具体细节未给出。
穿山甲艇- 提及于多个场合，但具体细节未给出。
以上是根据提供的信息整理的部分舰艇列表，如需了解更多细节或其他舰艇信息，请告诉我