马尼拉有一个国际机场，即阿基诺国际机场（Manila Ninoy Aquino International Airport, MNL），它位于马尼拉市南郊，距离市中心约10公里。该机场共有三个航站楼，分别是：
T1（国际航空公司）：主要服务国际航班，包括除菲律宾航空以外的所有国际航空公司。
T2（菲律宾航空）：专门为菲律宾航空的国际及国内航班服务。
T3（宿雾航空和国内其他廉价航空）：提供宿雾航空及其他国内廉价航空公司的航班服务。
T4（国内机场）：目前主要被Zest Air等航空公司使用。
此外，马尼拉还有克拉克机场（Clark International Airport），它传统上也被称为马尼拉机场，但主要服务国内航班。