鱼类主要通过鳃进行呼吸。鳃位于鱼类头部的两侧，由许多薄片状的鳃丝组成，在鳃腔内。当鱼类在水中游动时，水流通过口部进入鳃腔，然后从鳃裂中流过。鳃的薄膜上有许多血管，水在鳃薄膜上和血管中接触，进行气体交换。氧气从水中通过鳃薄膜进入鱼的血液，而二氧化碳则从鱼的血液中通过鳃薄膜释放到水中。
鱼鳃的工作原理是，当水流过鳃时，鳃丝内的血管可以和水完成气体交换，血液中的二氧化碳通过薄壁释放到水中，同时从水中吸收氧气，氧气随血液循环输送到身体各部分。
此外，虽然大部分鱼类依赖鳃呼吸，但也有一些鱼类具有辅助呼吸器官，如肺鱼，它们可以在离水时用肺呼吸。