团员证不是放在档案里的。根据相关规定，团员证是作为个人入团身份的身份证明，通常由个人保管。而团员档案则包括入团申请书、入团志愿书、组织鉴定、团内奖励决定、团内处分的调查、本人检查和组织决定等材料，这些是随着个人档案一起转移和保管的。
团员证在大学毕业后的处理可能会有所不同，具体情况如下：
如果毕业后没有继续升学，团员证一般会随个人档案一起转移给工作单位。
如果毕业后考上研究生，研究生学校可能会在入学后从原档案中取出团员证，让个人保存，之后再放入档案中。
在某些情况下，如果团员证遗失或损坏，可以联系学校团支部或现所在团组织补办或转接团关系和团档案。
需要注意的是，团员证和团员档案虽然分开保管，但在需要证明团员身份时，团员证可以作为有效的身份证明使用