运输企业在做账时，需要遵循以下步骤和原则：
设置会计科目
收入科目：运输收入、装卸收入等。
成本科目：燃油费、维修费、工资福利、折旧费等。
费用科目：办公费、其他应收款、其他应付款等。
税金科目：增值税、企业所得税等。
录入会计凭证
根据实际业务发生，如收到运输费、支付成本、购买固定资产等，录入相应的会计分录。
编制记账凭证
按照科目汇总，编制记账凭证，并登记总账和明细账。
编制财务报表
月末根据总账和明细账编制财务报表，如资产负债表、利润表等。
税务处理
根据国家规定缴纳各种税费，如增值税、企业所得税等。
记录资产和负债
记录所有资产，如车辆、设备、库存等，以及负债，如应付账款、短期借款等。
折旧与摊销
对固定资产如车辆进行折旧处理，并计入相应的成本科目。
账务核对与结账
定期核对账目，确保账实相符，并在年末进行结账。
财务报表分析
分析财务报表，评估公司财务状况和经营绩效。
特殊事项处理
如车辆挂靠情况，需要明确实际车主与名义车主的财务责任，并适当做账务处理。
请根据具体的业务情况和最新的税法规定进行账务处理，并考虑咨询专业的会计师或税务顾问以获得更准确的指导。