鸿钧老祖害红云的原因主要涉及 因果关系和利益冲突。
红云的善良行为引发祸端
红云在紫霄宫开讲时，因把坐下的蒲团位置让给了来迟的接引，从而引发了鲲鹏的记恨。鲲鹏认为如果红云没有让座，他也不需要让座，因此对红云心生怨恨。
鸿蒙紫气的诱惑
鸿钧老祖赐给六个徒弟鸿蒙紫气，还剩最后一道没有赐给红云。红云站在那里不知道发生了什么事，被好友镇元子拉走，没有听到鸿钧的讲道。随后，鲲鹏和冥河等人为了争夺鸿蒙紫气，联手将红云杀死，以获得他体内的鸿蒙紫气，从而成就大道。
东皇太一的复仇
红云身负鸿蒙紫气，引来众多大能的抢夺。东皇太一作为有仇必报的存在，也参与了围攻红云的行动。虽然击杀红云的直接原因是鲲鹏和冥河，但东皇太一的复仇也是重要因素之一。
综上所述，鸿钧老祖并没有直接害红云，但红云的善良行为、鸿蒙紫气的诱惑以及东皇太一的复仇共同作用，最终导致了红云的悲剧结局。这一系列事件反映了天道中的因果循环和利益冲突。