孙悟空怕水战的原因主要有以下几点：
不擅长水战：
孙悟空在原著《西游记》中并没有展现出擅长水战的技能。例如，在流沙河收服沙僧时，他提到自己不擅长水战。此外，在通天河唐僧被灵感大王抓走时，孙悟空也承认自己不善水战。
属性相克：
孙悟空的法术属性主要是火属性，而水克火。因此，在水中他的法术会受到限制。
避水诀和变化：
孙悟空虽然可以在水中通过捻避水诀或变化成鱼、虾等方式应对，但这限制了他的战斗能力，因为这些变化状态下他无法使用其他法力。
火眼金睛的弱点：
孙悟空在太上老君的八卦炉中炼成火眼金睛，这双眼睛虽然能洞察一切，但也使他易受烟和水伤害。
团队协作：
菩提祖师可能预见到孙悟空如果再学会水战等技能，其他徒弟如八戒和沙僧的作用就会减少，从而影响团队的协作和整体实力。
个人经历和感受：
孙悟空从石头中蹦出，本质上没有水属性，且在西天取经过程中多次遭遇水患困境，这些经历可能也加深了他对水战的畏惧。
综合以上几点，可以得出结论：孙悟空怕水战主要是因为他不擅长水战，法术属性被水克制，以及火眼金睛的弱点。此外，菩提祖师也可能出于团队合作的考虑，不希望他过于依赖个人能力。