网上办理港澳通行证签证的流程通常包括以下几个步骤：
登录出入境网站：
访问所属市的公安局出入境便民网。
选择办证业务：
在个人业务中选择已有通行证，然后进入申请协议书页面。
阅读申请协议书：
阅读申请协议书后选择接受。
填写个人信息：
根据自己的实际情况填写个人信息，包括户籍情况、通行证信息等。
确认提交：
确认填写的信息无误后，选择是否邮寄，并填写收件地址和联系方式。
等待审批：
提交申请后，等待审批结果。审批通过后，需要按规定交纳费用。
领取签注：
在指定的工作日后，凭有效的港澳通行证、身份证和申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。
请注意，具体的流程和条件可能因地区而异，建议根据当地公安局出入境管理处提供的最新信息进行操作。