土壤中的微生物种类繁多，主要包括以下几类：
细菌：
数量最多，包括多种有益和有害的细菌，如固氮菌、硝化细菌、腐生细菌和反硝化细菌等。
放线菌：
属于丝状细菌，参与有机质分解和养分转化过程。
真菌：
包括酵母菌、霉菌和大型真菌（如蘑菇类）等，对土壤结构和养分循环有重要作用。
原生动物：
包括轮虫、小线虫等，是土壤食物链的一部分。
藻类：
小型藻类，参与土壤中的光合作用和有机质分解。
病毒：
存在于土壤中的植物病毒和细菌噬菌体等。
土壤微生物在土壤中的主要作用包括有机质分解、矿物质分解、氮素固定、促进植物营养元素的转化等。它们对土壤形成发育、物质循环和肥力演变具有重大影响。