灌篮高手没有制作全国大赛的动画版，主要原因是作者井上雄彦与出版社以及动画制作公司之间的意见分歧。具体来说：
结局分歧：
出版社希望《灌篮高手》的结局是湘北获得全国第一，但井上雄彦原本的构思是樱木花道和流川枫虽然联手制造了绝杀，但最终输给了爱和学院，并没有达到全国第一。
作者意愿：
井上雄彦坚持按照自己的意愿绘制漫画结局，不愿意迎合主流媒体的期望修改剧情，因此与出版社和动画公司产生了矛盾。
动画制作水平：
井上雄彦对当时动画制作水平表示不满，并认为动画版存在情节拖沓的问题，他不想违背自己的初衷，所以最终没有谈妥合作。
个人发展：
当时井上雄彦已经开始准备自己的新作品“浪客行”，并且对继续连载《灌篮高手》已没有太多精力，这也是他选择完结漫画的原因之一。
版权问题：
漫画版权归属于出版社，但作者不在公司内，这可能也是导致动画版全国大赛难以制作的一个因素。
由于上述种种原因，最终《灌篮高手》的动画版只制作到选拔赛结束，而没有制作全国大赛的部分。这一决定让许多粉丝感到失望，也成为了动漫史上的一个遗憾