在游戏《幻想三国》中，黄巾军的位置可以根据不同的任务或活动有所变化。根据提供的信息，黄巾军的位置如下：
1. 小沛西郊的九里山附近，这里有一个黄巾军一寨。
2. 小沛郊外也有黄巾军一营的位置。
3. 在某些情况下，黄巾军的位置可能会在九州地图上的魔将大营中，例如魔张角大营。
4. 在主线任务中，黄巾军可能会出现在村外的战场废墟，或者马不停蹄赶往下邳的路上。
5. 在讨伐黄巾军的任务中，玩家需要在地图上寻找标有黄底“XX村”的村庄，并在野外选择黄巾军进行讨伐。
请根据游戏内的具体任务或活动来确定黄巾军的位置。