公司股权变更需要交纳的税种主要包括以下几种：
印花税 ：按照股权转让金额的万分之五收取。
个人所得税
对于自然人股东，按照股权转让所得的20%的比例收取。
对于法人股东，按照企业所得税的税率25%收取，符合条件的小微型企业可以按照20%的税率征收。
企业所得税
一般企业所得税的税率为25%。
符合条件的小型微利企业，企业所得税的税率可以按照20%的比例征收。
国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。
增值税
转让非上市公司股权不征收增值税。
转让上市公司股权需交增值税，一般纳税人6%，小规模纳税人3%。
城建税和教育附加费
股权转让过程中可能涉及到的附加税费，具体比例根据当地税务政策确定。
地方教育附加费
同上，具体比例根据当地税务政策确定。
总结：
股权变更时，主要涉及的税种有印花税、个人所得税、企业所得税、增值税及其附加税费。具体税率和金额需要根据股权转让金额、企业类型及是否符合特定条件来确定。建议在办理股权变更时，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规并优化税务成本。