水母发光的原理主要归因于它们体内含有的发光蛋白质。这些蛋白质在特定的化学反应中与氧气、酶以及其他底物相互作用，产生氧化还原反应，从而释放能量并发出光。水母发光的颜色取决于发光蛋白质的种类和结构。
特别地，有些水母发光与一种名为埃奎明的蛋白质相关，当这种蛋白质与钙离子混合时，能发出较强的蓝光。每只水母体内含有大约50微克的埃奎明，这也是它们能够发光的关键所在。
此外，水母体内的绿色荧光蛋白在吸收其他发光蛋白发出的光后，也能发出绿光。这种绿色荧光蛋白在生物学研究中应用得最多，因为它极其稳定且没有毒性。
水母发光的现象不仅在自然界中引人入胜，而且其发光原理在科学研究中具有重要价值，例如在转基因技术中作为报告基因来追踪基因表达和蛋白质功能