金钱龟的公母可以通过以下几种方法进行区分：
观察背甲形状
雄龟的背甲较短且宽，腹甲中央略微向内凹陷。
雌龟的背甲较长且窄，腹甲平坦中央无凹陷。
观察腹部形态
雄龟的腹部无凹陷，尾较细长。
雌龟的腹部中央有明显的凹陷，尾较粗短。
观察尾巴特征
雄龟的尾巴较长且粗，泄殖孔离尾盾边缘较远。
雌龟的尾巴较短且细，泄殖孔距腹甲后缘较近。
观察排泄孔位置
雄龟的泄殖孔离背甲后缘较远，可见生殖器泡起。
雌龟的泄殖孔接近腹甲后缘，生殖器外观裂开形似凤尾蝶状。
手法辅助观察
用一只手竖着拿金钱龟，另一只手分别用拇指、中指和小指分别顶住或轮流轻拍金钱龟的头部和前爪，金钱龟的尾巴会伸出来，如果尾巴伸出一个黑色尖尖的东西，就是公龟。
用两手分别慢慢用力按住金钱龟的四肢和头部，金钱龟会伸出生殖器，生殖器比较尖的是公龟，外观像蘑菇或木耳状；而母龟的生殖器外观裂开形似凤尾蝶状。
繁殖季节观察
在金钱龟的繁殖季节，抓住成龟，当龟的四肢和头尾皆欲缩入壳内时，用手指使劲挤住它的头及四肢，不让它有时间呼吸，此时龟泄殖孔内即排出副膀胱水，然后生殖器慢慢地外突，若只向外突出纵列的皱纹内壁者为雌龟；如有一充血膨大呈褐紫色的交接器外突者则为雄龟，如果在交配季节，雄龟还会有乳白色的精液排出。
通过上述方法，可以较为准确地鉴别金钱龟的公母。建议在选购或养殖金钱龟时，多方观察以减少误判。