《我当阴阳先生的那几年》的结局如下：
石决明是幕后黑手，最终被众仙放倒，老崔本想放他，但他执迷不悟，死在黄巢剑下。
刘雨迪因重伤，为了救她，老崔用掉了女鬼泪。杜非玉，那个跑路的女鬼，为了救老崔也受了重伤，最终魂飞魄散。
崔作非接替了文叔，留在了福泽堂。刘雨迪在附近的幼儿园当老师，五弊三缺缺的是“权”，所以让崔作非来当院长。最终，他们没能在一起，就这样生活着。
老易残了，装了个假肢，把之前的棺材钉放进去了，说是能浇花。
这个结局充满了悲剧色彩，主要角色都经历了生死离别和命运的无奈。建议读者在阅读这类小说时，要有心理准备，因为灵异题材的作品往往伴随着感伤和深思。