软件著作权登记应在中国版权保护中心进行办理。中国版权保护中心是国家版权局认定的唯一的软件著作权登记机构，负责全国计算机软件著作权登记的具体工作。
具体申请流程如下：
在线注册填表：
首先需要在中国版权保护中心网站注册并填写申请表。
准备材料：
按照要求准备好代码说明书、营业执照等相关材料。
提交申请：
可以选择亲自到中国版权保护中心的登记大厅现场办理，或者通过挂号信函或特快专递邮寄到中国版权保护中心软件登记部。
建议在办理前，先通过中国版权保护中心网站了解详细的申请指南和所需材料，以确保申请过程顺利。