当被告公司在民事诉讼过程中注销时，处理方式通常如下：
确认承继者
确认是否存在权利义务承继者，如清算组或破产管理人。
若公司未经清算即注销，可起诉股东、发起人、董事、实际控制人等。
法律途径
向法院申请撤销公司注销登记，要求公司承担清偿责任。
向法院申请追加被告，如已解散公司为被告，要求其承担清偿责任。
向法院申请执行已解散公司的财产。
向法院申请破产清算，通过破产程序清偿债务。
诉讼处理
如果承继者参与诉讼，可以继续审理，并判决承继者负责清偿未清偿的债务。
如果承继者不参与诉讼，可能按照撤回上诉处理，一审判决自裁定书送达之日起生效。
中止或终止诉讼
如果公司在起诉后依法成立清算组并进行了清算，诉讼应中止或终止。
清算结束后，根据清算结果，债权人可以通过清算程序实现自身权利。
恶意注销的处理
如果公司通过恶意注销逃避债务，债权人可以申请法院追加其股东为被执行人，由股东对公司债务承担连带清偿责任。
清算义务人的责任
如果公司未经依法清算即办理注销登记，债权人可要求清算义务人，如股东、董事、实际控制人等，对公司债务承担清偿责任。
在处理此类案件时，建议当事人及时与法院沟通，了解案件的最新进展，并寻找被告的承继者或清算组要求承担相关责任