马耳他的主要港口有两个，分别是：
瓦莱塔港 （VALLETTA）
港口代码：MTVAL
位置：位于马耳他东部的瓦莱塔半岛上，濒临马耳他海峡的南侧。
吞吐量：年吞吐量约为160万吨，可进万吨货轮装卸货物。
特点：马耳他最大的港口，属于地中海航线，有深水码头及装卸、加油和储粮等设施。
马尔萨什洛克港 （MARSAXLOKK）
港口代码：MTMAR
位置：位于马耳他东南沿海的什洛克湾。
吞吐量：主要进行集装箱运输，也有油轮专用码头。
特点：是地中海地区的天然深水良港和中转港。
这两个港口对于马耳他的海运业至关重要，不仅支持着该国的货物运输，也是连接欧洲、亚洲和非洲的重要节点